Le cantine, moderne e funzionali, si estendono su una superficie coperta di oltre 1.000 m2. Comprendono una cantina di vinificazione, un'area di affinamento e un settore per l'imbottigliamento, il confezionamento e lo stoccaggio dei vini. La cantina di invecchiamento si trova invece nel seminterrato della vecchia casa colonica.
Nella Tenuta San Filippo la naturalità e la qualità sono concetti fondamentali. L'impegno maggiore inizia con la selezione ottimale al momento della raccolta, stimata con estrema precisione attraverso il monitoraggio analitico delle uve stesse. Il tempo che intercorre tra la raccolta e la pigiatura è estremamente breve. Una volta prodotto il mosto, la fermentazione inizia entro le prime otto ore. La macerazione prosegue per circa otto giorni, durante i quali vengono effettuate diverse operazioni di follatura e rimontaggio.
Una volta completata la fermentazione in vasche di acciaio inox, il vino viene trasferito in grandi botti di legno dove svolge la fermentazione malolattica. Dopo circa quaranta giorni, il vino viene travasato in barrique e botti di rovere dove si affina per diversi anni.
Dopo questo lungo riposo, il vino viene raccolto in grandi botti e preparato per l'imbottigliamento e l'etichettatura con l'anno di vendemmia. Mille giorni di amorevoli cure all'interno di un'unica bottiglia danno vita a una grande emozione: il Brunello.